Kalkulator Masy Molekularnej Białka

Kategoria: Biologia
- March 24, 2025
| |
0
Poprawna

Masa cząsteczkowa białka jest obliczana na podstawie sumy średnich mas izotopowych jego reszt aminokwasowych:

\[ MW = \sum (n_i \times MW_i) - (n_{peptide} \times MW_{H_2O}) \]

Gdzie:

  • \(n_i\) = Liczba każdego aminokwasu w sekwencji
  • \(MW_i\) = Masa cząsteczkowa każdego aminokwasu
  • \(n_{peptide}\) = Całkowita liczba wiązań peptydowych
  • \(MW_{H_2O}\) = Masa cząsteczkowa cząsteczki wody (18,02 Da)

Co to jest Kalkulator Mas Cząsteczkowych Białek?

Kalkulator Mas Cząsteczkowych Białek pomaga określić masę cząsteczkową białka na podstawie jego sekwencji aminokwasowej lub składu. Oblicza również dodatkowe właściwości, takie jak teoretyczny punkt izoelektryczny (pI), współczynnik ekstynkcji, hydrofobowość (wynik GRAVY) oraz ładunek netto przy pH 7.

Jak korzystać z kalkulatora

Kalkulator oferuje wiele sposobów wprowadzania danych białkowych:

  • Metoda sekwencji: Wprowadź sekwencję białka używając jednoliterowych kodów aminokwasów.
  • Metoda składu: Ręcznie wprowadź liczbę każdego aminokwasu.
  • Opcje zaawansowane: Zastosuj modyfikacje, takie jak acetylacja, wiązania disulfidowe lub modyfikacje terminalne.

Kluczowe cechy

  • Oblicza masę cząsteczkową zarówno w Daltonach (Da), jak i kilodaltonach (kDa).
  • Określa teoretyczny pI na podstawie wartości pKa aminokwasów.
  • Oblicza współczynnik ekstynkcji dla absorpcji UV przy 280 nm.
  • Szacuje hydrofobowość przy użyciu wyniku GRAVY.
  • Uwzględnia niestandardowe modyfikacje, takie jak fosforylacja, metylacja i amidacja.

Dlaczego masa cząsteczkowa białka jest ważna?

Znajomość masy cząsteczkowej białka jest kluczowa dla:

  • Analizy elektroforetycznej (SDS-PAGE, Western blotting).
  • Identyfikacji za pomocą spektrometrii masowej.
  • Oczyszczania białek i chromatografii.
  • Badań strukturalnych i funkcjonalnych.

Najczęściej zadawane pytania

Jak oblicza się teoretyczny pI?

Punkt izoelektryczny (pI) to pH, przy którym białko nie ma ładunku netto. Oblicza się go za pomocą równania Hendersona-Hasselbalcha:

\[ pI = \frac{pKa_{pos} + pKa_{neg}}{2} \]

Co to jest współczynnik ekstynkcji?

Współczynnik ekstynkcji oblicza się na podstawie liczby reszt tryptofanu (W), tyrozyny (Y) i cystyny (C):

\[ \varepsilon = (n_W \times 5500) + (n_Y \times 1490) + (n_C \times 125) \]

Jak kalkulator obsługuje modyfikacje?

Kalkulator pozwala na zastosowanie różnych modyfikacji potranslacyjnych, które są dodawane lub odejmowane od masy cząsteczkowej białka.

Co to jest wynik GRAVY?

Grand Average of Hydropathy (GRAVY) to miara hydrofobowości białka. Oblicza się go jako:

\[ GRAVY = \frac{\sum (Hydropathy_{AA} \times n_{AA})}{Total\ Amino\ Acids} \]

Dlaczego cząsteczka wody jest uwzględniana w obliczeniach?

Każde utworzenie wiązania peptydowego skutkuje utratą jednej cząsteczki wody, więc całkowita masa jest odpowiednio dostosowywana.

Podsumowanie

Kalkulator Mas Cząsteczkowych Białek jest cennym narzędziem dla badaczy i studentów biochemii oraz biologii molekularnej. Niezależnie od tego, czy analizujesz strukturę białka, przeprowadzasz eksperymenty, czy interpretujesz wyniki, to narzędzie szybko i dokładnie dostarcza niezbędnych właściwości molekularnych.